De dierenfysiotherapeut maakt van meerdere mogelijkheden gebruik bij de behandeling van een patiënt. Er zijn drie hoofdgroepen te onderscheiden: oefentherapie, massagetherapie en fysische therapie. Oefentherapie kan geconstrueerd plaatsvinden, met gewichten bijvoorbeeld, maar binnen de dierfysiotherapie gebeurt dit meestal op functionele wijze (bijv. loopscholing, springen, sportspecifiek, enz.). Hulpmiddel hierbij kan een loopband of aquatrainer zijn. Vaak vormt oefentherapie de hoofdmoot van de behandeling. Massage- en fysische therapie (bijv. ultrageluid, TENS, lasertherapie, magneetveld, elektrotherapie, warmte en koude therapie) worden meer als ondersteuning of voorwaardenscheppend gebruikt.

Wat er uiteindelijk aan therapie wordt gegeven, hangt uiteraard van de aard en status van de aandoening af, en het gewenste doel van de eigenaar. De grenzen van het resultaat worden verder aangegeven door mogelijke nevenaandoeningen, de algehele gezondheid en leeftijd van het dier. Deze belangrijke factoren worden uitgevraagd en bekeken in een gedegen dierfysiotherapeutisch onderzoek.
Het onderzoek van de dierenfysiotherapeut heeft namelijk een geprotocolleerde volgorde en bestaat uit een anamnese (vraaggesprek), oppervlakkige palpatie, inspectie, inspectie in stand en beweging, functieonderzoek en specifiek toegevoegd onderzoek (diepe palpatie, neurologische testen, spierlengte, etc.).

Op basis van de verwijzing van de dierenarts en het eigen dierfysiotherapeutisch onderzoek zal er een fysiotherapeutische diagnose worden geformuleerd, welke richting geeft aan het individuele behandelplan van het dier.